Το Εργαστήριο διαθέτει την απαραίτητη υποδομή για την υποστήριξη του διδακτικού και ερευνητικού του έργου. Η υποδομή αυτή περιλαμβάνει:
Κλειστό, κλιματιζόμενο χώρο 90 m2 στα κτίρια του Τμήματος στα Κιμμέρια Ξάνθης. Ο χώρος αυτός έχει μονοφασικό και τριφασικό ηλεκτρικό ρεύμα, παροχή νερού και αέρα και αποχέτευση. Επίσης, διαθέτει απαγωγό και πάγκους εργασίας και χημικών αναλύσεων. Υπάρχει εξοπλισμός σε υπολογιστές και όργανα για χημικές αναλύσεις ποιότητας νερού, ιζημάτων και αποβλήτων. Επίσης, υπάρχουν γραφεία, βιβλιοθήκες, δικτύωση Internet, και γενικά χώρος για τα μέλη ΕΤΕΠ, τους συνεργάτες, τους υποψήφιους διδάκτορες και τους προπτυχιακούς φοιτητές που εκπονούν διπλωματικές εργασίες. Τέλος, στο χώρο αυτό κατασκευάζονται και λειτουργούν φυσικά μοντέλα.
Ανοικτό χώρο 200 m2 όπου λειτουργούν φυσικά μοντέλα και αυτήν τη στιγμή διενεργούνται πειράματα σχετικά με την εκπόνηση τριών διδακτορικών διατριβών.
Όχημα τύπου van (Mercendes-Benz Sprinter 312D), πλήρως διαμορφωμένο σε κινητό εργαστήριο. Το όχημα μεταξύ άλλων διαθέτει πάγκο εργασίας, συρτάρια, γραφείο, ντουλάπα, νεροχύτη, δεξαμενή νερού, θερμοσίφωνα, απαγωγό αερίων, κλιματισμό, σύνδεση για εξωτερική παροχή ηλεκτρικού ρεύματος 220 V, βενζινοκίνητη γεννήτρια εναλασσόμενου ρεύματος τάσης 220 V, ψυγείο, μόνιμο ψυχόμενο αυτόματο δειγματολήπτη δειγμάτων ποιότητας νερού, κλίβανο, θερμοστάτη BOD, χώρο για μεταφορά οργάνων και προσωπικού. Το όχημα χρησιμοποιείται για εκστρατείες και μετρήσεις πεδίου σε υδατικά συστήματα.
Το ερευνητικό σκάφος «Οικο-έρευνα», φουσκωτό τύπου Ζodiac Βombard FΒ Εxplorer), χωρητικότητας 8 ατόμων, μήκους 5 m, με εξωλέμβιο μηχανή 40 ΗΡ, το οποίο επίσης χρησιμοποιείται για μεταφορά οργάνων και προσωπικού για μετρήσεις πεδίου σε κάθε είδους υδατικά συστήματα.
Διάφορα όργανα μετρήσεων και αναλύσεων, μεταξύ των οποίων δύο πλήρεις μετεωρολογικούς σταθμούς (ένα μόνιμα εγκατεστημένο στο ανοικτό εργαστήριο), διαφόρους ρευματογράφους, δειγματολήπτες νερού, φερτών υλικών και ιζημάτων, βαρούλκο ανάρτησης και βύθισης οργάνων, και φορητά όργανα επιτόπιας μέτρησης παραμέτρων ποιότητας νερού. Επίσης, υπάρχουν διάφορες αντλίες. Για τον προσδιορισμό των χημικών/βιολογικών παραμέτρων υπάρχουν θερμοστάτης και φιάλες προσδιορισμού BOD, συσκευή χώνευσης COD, κλίβανος, δύο συσκευές χώνευσης Kjeldahl, δύο φασματοφωτόμετρα, στάνταρ κόσκινα.
